Estabilidade
O sistema Linux é conhecido pela ótima estabilidade que ele tem. Ele pode ficar anos sem ter problemas no sistema, e de fato, muitos usuários elogiam o Linux justamente por isso, por ele não dar problemas com a mesma frequência que o Windows costuma dar.
Para as empresas isso é muito interessante, pois tendo um sistema estável não correrá o risco de perder dados importantes devido a um erro do sistema. Outra vantagem é que geralmente não há a necessidade de realizar reboots no Linux, quase todas as mudanças nas configurações podem ser realizadas com o computador ligado.
Segurança
Um fato que muitos sabem é que o Linux é bem mais seguro que o Windows, tanto no servidor, quanto no desktop.
Qualquer instalação ou alteração necessária no sistema Linux, precisará ser aprovado pelo usuário root, que é uma espécie de usuário especial do sistema. Sendo assim, a probabilidade de pegar um vírus, ou ter um programa malicioso adicionado é muito menor do que no Windows. Eles só serão adicionados ao sistema caso você autorize com sua senha e nome de usuário.
Compatibilidade com Hardware
O Linux além de leve, rápido e flexível, funciona normalmente em praticamente todos os computadores. Não importa muito qual modelo seja o computador ou o processador utilizado pela máquina, no caso de computadores mais antigos, você pode escolher uma distribuição Linux mais leve.
Além disso, o Linux pode ser reconstruído para empresas. Pode modificar suas configurações para apenas os serviços que são necessários para sua empresa. Isso liberará um espaço maior da memória do sistema, e o deixará ainda mais rápido.
Liberdade
Como o Linux é um sistema open source, você estará livre para, alterar o código fonte do sistema e deixar com características necessárias para o seu trabalho.
É devido a essa liberdade que existem diversas distribuições Linux.
Baixo custo
Como o Linux e os programas o acompanham na maior parte das distribuições são softwares Livres, você pode copiar e instalar livremente sem precisar comprar o sistema e sem se preocupar com licenças de software e possíveis multas pelo uso de software pirata em empresas.
